Dans un univers futuriste, le monde est dominé par la puissante société de la Shinra. Cette dernière pompe l'énergie vitale de la planète à l'aide de réacteurs pour alimenter les villes en énergie. La planète se meurt lentement. Pour éviter cela, un groupe terroriste nommé Avalanche s'emploie à détruire les réacteurs. Cloud est un ancien membre du Soldat, l'élite des hommes de la Shinra. Recruté par Barret, le chef d'Avalanche, il ne se doute pas que c'est contre un danger bien plus grand qu'ils vont devoir se battre.
